生化妊娠是指胚胎本身发育不良和女性内分泌失调所引起的。生化妊娠的发生是由于受精卵质量不高而引起的保护性反应。最常见的导致受精卵质量低下的原因包括精子卵子本身的质量问题，如卵子或精子在长时间内老化而受精。此外，母体内分泌不正常、胚胎染色体异常、不良的生活方式和药物因素也可能导致生化妊娠。例如，黄体功能不全、甲状腺功能不良、多囊卵巢综合征等原因导致受精卵无法着床，进而引起生化妊娠。胚胎染色体异常、发育不良以及不良的生活方式如经常熬夜、剧烈运动、节食、精神压力大、紧张或长期抽烟酗酒等也可能影响胚胎的正常发育，导致生化妊娠。此外，药物因素也可能导致胚胎早期受影响，如女性服用某些影响胎儿发育的药物，如病毒唑等。